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A Estimulação Magnética Transcraniana repetitiva (EMTr) permite modular a atividade cerebral modificando de maneira duradoura a atividade de neurônios cerebrais. Não é o campo magnético que induz essas mudanças. O campo magnético é apenas o meio para induzir, de forma segura e não invasiva, correntes elétricas controladas e rítmicas em regiões do córtex cerebral. O ritmo de aplicação das correntes funciona como um código que leva os neurônios a mudar seu padrão de atividade. Ao aplicar correntes com alta frequência, os neurônios nessa região modificam seu padrão de atividade e se tornam mais ativos e excitáveis. Se, por outro lado, correntes são aplicadas com baixa frequência (a menos de 1 pulso por segundo), observa-se o contrário: os neurônios tornam-se menos ativos. Na depressão, o tratamento com rTMS consiste na aplicação de pulsos de alta frequência no córtex frontal dorso-lateral esquerdo, 5cm adiante da área motora da mão direita. Isso leva a aumento duradouro da atividade de circuitos neuronais relacionados a essa área. Um dos mecanismos envolvidos nessa mudança de atividade é a liberação de neurotransmissores (principalmente dopamina) em estruturas límbicas do mesencéfalo (via mesolímbica, núcleo acumbens). Essas estruturas estão envolvidas na neuroquímica da motivação, do prazer e da recompensa. Estudos laboratoriais dão uma idéia de como esses efeitos se tornam duradouros. A rTMS induz plasticidade neuronal. Muda o modo como os neurônios expressam seus genes. Por trás do aumento ou redução de atividade existe mudança no padrão de produção de receptores sinápticos e outras proteínas neuronais. As alterações induzidas pela rTMS ficam gravadas na “memória” dos neurônios. O protocolo típico de tratamento de depressão começa com a chamada “Indução”. Nessa fase o paciente deverá receber aplicações diárias por 15 a 30 dias. Cada sessão dura cerca de meia hora. Os efeitos benéficos geralmente começam a aparecer por volta da quinta sessão e se tornam mais evidentes perto da décima sessão. Cerca de 2/3 dos pacientes respondem de maneira satisfatória ao tratamento, 1/3 com resolução total dos sintomas.